La introducción de diferentes bacterias heterótrofas en el medio ayuda a la descomposición de la materia orgánica, ya que bien por respiración anóxica o anaeróbica, esta mezcla microbiana absorve el exceso de dichos componentes causante de desequilibrios en los hábitats (lodos, algas, fosfatos…), así como aquellos elementos tóxicos a nivel químico presentes en el agua.

Como resultado, las bacterias excretan compuestos de CO2, H2O, NH3, H2S o NH2